随着实验的不断深入，连花清瘟有效抑制的“病毒名单”也在不断加长。广州呼吸疾病国家重点实验室完成连花清瘟抗病毒活性研究，结果显示，连花清瘟作为一个中药处方，对H1N1、H3N2、H9N2、H6N2、H7N9、乙型流感病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒、手足口病病毒EV71、鼻病毒、疱疹病毒、柯萨奇病毒具有抑制作用。

此外，中国中医科学院、河北医科大学、南京中医药大学等院所还通过多项研究发现，连花清瘟胶囊有良好的抑菌消炎作用，对金黄色葡萄球菌、甲乙型溶血性链球菌、肺炎球菌、流感杆菌均有明显的抑制作用，可有效预防流感患者继发细菌感染所导致的肺炎、败血病等并发症;对流感病毒性肺炎有明显抑制作用，可显著降低肺炎指数，具有明显的解热作用，可使发热模型的体温显著降低;可显著延长咳嗽潜伏期，同时减少咳嗽频率，具有良好的祛痰作用。这一结果使连花清瘟治疗病毒感染性疾病继发细菌感染引起的肺炎扁桃体炎等有了科学依据。

循证医学研究证实：可缓解流感症状

循证医学是国际上新兴起的一种医学研究方法，特点是大范围、多样本、双盲实验，是目前评价药物疗效最科学、最公正的国际药物疗效评价标准。2009年，以首都医科大学附属北京佑安医院为组长单位，启动了“连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流行性感冒”的循证医学研究，在全国范围内收集了大量病例，病例涵盖了各主要发病年龄段、各种症状的甲型H1N1流感患者。这些流感患者分为试验组和对照组，试验组患者每天按照标准治疗量服用连花清瘟胶囊，另一组患者则服用对照药物奥司他韦胶囊。

循证医学研究结果令人振奋：第一，连花清瘟胶囊在抗病毒作用方面与奥司他韦没有差异。第二，在缓解流感症状，特别是退热和缓解咳嗽、头痛、肌肉酸痛和乏力等症状方面，连花清瘟胶囊优于奥司他韦。第三，从药物经济学角度看来，连花清瘟胶囊仅是奥司他韦治疗费用的八分之一。专家论证后一致认为，连花清瘟胶囊是目前经循证研究证实治疗甲型H1N1流感疗效确切的中成药。

2019年1月，由王辰院士承担，卫生部北京医院、首都医科大学朝阳医院、首都医科大学宣武医院、广东省中医院等全国13家三甲医院参与的“连花清瘟颗粒治疗非流感病毒性肺炎随机、双盲、安慰剂对照、多中心临床研究”正式揭盲。研究结果显示连花清瘟在改善非流感病毒性肺炎患者体温、咳嗽等临床症状方面显示出良好疗效。

临床疗效取得大量证据的同时，连花清瘟胶囊的安全性也得到了研究验证。2013年，北京协和医院的徐作军教授对2003年～2013年10年间的文献进行检索，筛选出单独或者联合使用连花清瘟胶囊的随机对照试验相关文献40篇(试验组2592例，对照组2314例)，对这些文献中的相关不良反应进行分析。研究结果证实连花清瘟胶囊具有良好的安全性。

观察2万余人：对流感具有预防效果

连花清瘟对流感的治疗作用得到了大量实验、临床研究的证实，那么它对流感是否能起到预防效果呢?

2009年一场突如其来的甲流疫情打乱了人们的平静生活。该年9月，河北省甲型H1N1流感防控专家组与河北省廊坊市第三人民医院报告，在廊坊市大学城出现了甲型H1N1流感聚集性疫情，防控专家组对确诊患者密切接触者及周围健康人群2万余人进行了迅速隔离。在20553人中，有6367人选择服用连花清瘟进行预防，1177人选择其他药物进行预防，13009人没有服用药物进行预防。结果发现，未使用药物预防组感染率8.8%，其他药物预防组感染率6.8%，连花清瘟预防组感染率仅1.2%，表明连花清瘟胶囊对甲型H1N1流感具有可靠的预防作用。